Inicialmente, BALEARIA atendía las líneas Dénia-Ibiza-Palma (servicios ferry), Ibiza-Formentera (servicios ferry y embarcaciones de alta velocidad), Ibiza-Palma (servicios ferry) y Dénia-Ibiza (servicios ferry y rolón). Esas líneas se completaron con la Valencia-Palma, de tráfico rolón, que fue inaugurada en junio de 2000, y la más reciente entre Alcúdia y Maó, en la que BALEARIA opera desde julio de 2002. La incorporación -en junio de 2001- del Federico García Lorca, un super fast ferry de alta velocidad que cubre la línea Dénia-Ibiza-Palma y también realiza la servicios directos Dénia-Palma, supuso un hito en las comunicaciones entre y con Baleares.

BALEARIA sigue apostando por la expansión y el crecimiento, y trabaja en futuros proyectos, como incorporación de nuevas líneas y la ampliación de su flota. En octubre de 2002 Baleària botó el super fast ferry de alta velocidad Ramon Llull, construido en los astilleros Rodriquez, y que empezó a operar en junio de 2003. Por otra parte, a principios del 2003 Baleària impulsa la creación de la compañía Nautas Al-Maghreb, que en abril pone en marcha una nueva línea marítima Tánger-Algeciras atendida por un súper fast ferry cuyas prestaciones le permiten realizar la travesía en menos de 1 hora. Este nuevo proyecto ha implicado la incorporación del super fast ferry Al-Sabini a la flota de BALEARIA.

La calidad, frecuencia y competitividad de los servicios de BALEARIA en las líneas que gestiona han permitido situar a la naviera como líder en el tráfico interinsular -por número de pasajeros y ventas- y como líder absoluto en Baleares por número de pasajeros. En el 2002, BALEARIA gestionó el transporte de un millón y medio de pasajeros.